É responsável pela organização geral do estabelecimento e pelo planejamento, execução e avaliação de todos os serviços escolares, auxiliada por uma equipe diretiva.
Diretor Espiritual
Monsenhor Pe. Hélio Takemi Sakamoto
Atende toda a comunidade escolar em suas necessidades espirituais. Pais, alunos, professores e funcionários, têm o conforto para suas angústias e alívio para seus problemas sempre que necessitam. Também é de responsabilidade do diretor espiritual as comemorações religiosas (missas), os debates e encontros dos alunos, onde os temas como ética, compromisso, solidariedade entre outros são debatidos.
Supervisão Geral
Prof.ª Lélia Lucia Leal Bariani
É o setor que orienta, acompanha e avalia o trabalho dos professores e equipe pedagógica, garantindo que os objetivos propostos à sua filosofia e à qualidade de ensino do Colégio São Francisco Xavier sejam observados.
Coordenação Educacional
É o serviço destinado a manter a disciplina, a ordem e a segurança no âmbito do estabelecimento, acompanhando professores, orientando o aluno no aspecto sócio-afetivo-comportamental, cooperando para o seu desenvolvimento integral. Faz, também, a ligação entre a família e a escola, atendendo os pais, quando necessário.
Coordenadora da Educação Infantil
Prof.ª MARCIA RUIPERES
Coordenadora do Ensino Fundamental Anos Iniciais (1ºs aos 5ºs anos)
Prof.ª Laura Tupan
Coordenadora do Ensino Fundamental Anos Finais (6ºs aos 9ºs anos)
Prof.ª Isabela Quaglia Marques
Coordenadora do Ensino Médio
Prof.ª Lélia Bariani
Coordenação de Esportes, Eventos e Atividades Extracurriculares
Prof. Silvio Yukio Domen
É o departamento responsável pela área de Educação Física, bem como de eventos e atividades extracurriculares do Colégio, acompanhando todos os alunos esportistas e que fazem atividades extras, intermediando eventos e representando o Colégio sempre que necessário nos espaços públicos e sociais.
Psicologia
Psicóloga Educacional Ana Lúcia Volpato
É o setor encarregado de atender os alunos diferenciados, com maior dificuldade de aprendizagem e/ou disciplina, por meio de entrevistas com a família, a fim de fazer os encaminhamentos e acompanhamentos necessários em cada caso.
Departamento Financeiro
Gerente Financeira Elizete Fateiga Câmara
Responsável por todas as demandas financeiras do Colégio, zela pelo patrimônio e pela instituição como um todo, atendendo colaboradores e pais quando necessário.