Com o objetivo de ajudar os filhos dos japoneses que viviam na zona rural e frequentavam a escola, Monsenhor Miguel Y. Kimura inaugurou, no dia 21 de fevereiro de 1963, o “Externato São Francisco Xavier”. A instituição era uma construção de madeira e sua administração foi entregue as Irmãzinhas da Imaculada Conceição, em parceria com a Mitra Diocesana de Maringá, proprietária do imóvel. A direção do externato tinha como principal desafio promover a integração Nipo-Brasileira. Durante muito tempo, o externato foi administrado pela Madre Mônica Maria (Cirema do Carmo Correa), incansável educadora. Em 1975, o “Externato São Francisco Xavier” teve sua denominação alterada, por força da lei, para “Escola São Francisco Xavier”. Após o falecimento da educadora, a congregação devolveu a instituição a Mitra Diocesana de Maringá, alegando não ter religiosos para continuar o trabalho da Madre.

Em 1979, Dom Jaime Luiz Coelho, então arcebispo de Maringá, nomeou D. Olga Suguimoto Iwata para administrar a escola, e por 18 anos ela esteve como responsável pela direção do educandário.

Preocupado com a estrutura física da escola, Monsenhor Pedro Ryô Tanaka iniciou um trabalho junto aos seus conterrâneos com o objetivo de arrecadar fundos para construção de um novo prédio.

Com a ajuda de japoneses começou a construção, marcando uma nova etapa da história da instituição.

Em 1997, Dom Murilo S. R. Krieger assume como sucessor de Dom Jaime Luiz Coelho, tornando-se o segundo Arcebispo Metropolitano de Maringá. Com espírito modernizador passou a fazer um levantamento da Arquidiocese de Maringá e sugeriu mudanças para que a “Escola São Francisco Xavier” pudesse atender os novos desafios da educação.

O novo arcebispo entregou a direção da escola ao padre Sidney Fabril que, ao assumir, começou um novo processo dentro da instituição. Em pouco tempo a escola sofreu inúmeras mudanças que contribuíram para a modernização do ensino oferecido sem, no entanto, perder a tradição. Com a colaboração dos professores e funcionários, a “Escola São Francisco Xavier” pôde, em pouco tempo, ser uma nova escola, oferecendo, aos alunos e funcionários, melhores condições de estudo e trabalho.

Em 2002, Dom Murilo S. R. Krieger houve por bem nomear novos diretores para a escola. Pe. Reginaldo Lima foi nomeado Diretor Espiritual e a Professora Eliza Mitie Shiozaki, Diretora Geral da Escola São Francisco Xavier.

Nesse novo período outros degraus foram galgados, sempre buscando o aprimoramento e o engrandecimento deste educandário que, em 2004 teve sua denominação alterada para Colégio São Francisco Xavier. Neste ano foi implantado o Ensino Médio, gradualmente.

A construção da escola de madeira em 1963 e o novo prédio de alvenaria que teve início em 1993, aliados a modernização do ensino, buscando sempre a seriedade e o amor cristão no convívio com a comunidade escolar, concretizam o sonho de dois homens: Monsenhor Pedro Ryô Tanaka e o saudoso Monsenhor Miguel Kimura.

Em 2023,  o Colégio São Francisco Xavier comemorou 60 anos.

No dia 13 de julho, foi inaugurada a nova ala com a Capela São Francisco Xavier em homenagem aos 60 anos de fundação do Colégio São Francisco Xavier.
A nova ala recebeu o nome da Professora Eliza Mitie Shiozaki, atual diretora, a qual foi homenageada pelo empenho e dedicação pelas melhorias realizadas em toda estrutura física e administrativa do colégio desde que assumiu a direção em 2002.

Durante a solenidade, a professora Eliza foi homenageada com a Cruz de Honra – Pro Eclesia et Pontífice, que é a mais alta comenda que o Papa concede a um fiel leigo, e foi entregue pelo Arcebispo Metropolitano de Maringá, Dom Frei Severino Clasen.